黨員檔案丢失,最重要的是補辦入黨志願書。補辦程序如下：
一、調查核實，确認黨員身份
當發現某位黨員的檔案裡找不到《入黨志願書》時，黨支部要做的第一件事是：調查核實，确認其黨員身份。黨支部要通過派人前往其入黨地調查或函調等形式，核實其黨員身份的真實性。主要是防止極個别心術不正的人，利用工作安排、工作調動、畢業分配、複員轉業之機，買通有關人員，并不是黨員，卻開出"黨員組織關系介紹信"，騙取黨員身份。如發現這種情況，就要一追到底，嚴肅處理。因此，黨支部隻有在确認該同志黨員身份的前提下，才能為其補辦《入黨志願書》。
二、嚴肅認真，收集證明材料
為了使補辦的《入黨志願書》足以證明其黨員身份，既對黨員個人負責，也對黨組織和曆史負責，因此，必須收集如下主要證明材料：
1、本人有關入黨情況說明。請補辦《入黨志願書》的同志寫清何時何地入黨，入黨介紹人是誰，黨支部書記是誰等情況。
2、入黨介紹人的證明材料。要寫清何時何地介紹其入黨等細節。（如兩位入黨介紹人都去世或無法查找，則應有兩名以上熟悉當時情況的黨員的證明材料）。
3、其入黨所在黨支部負責人的證明材料（證明人原則上要黨支部書記，如無法找到，可找其他黨支部委員）。要寫清當時接收其入黨的情況。
4、黨支部讨論接收該同志為預備黨員、讨論預備黨員轉正的支部決議複印件或摘抄件。
5、基層黨委讨論接收該同志為預備黨員、讨論預備黨員轉正的黨委決議複印件或摘抄件。
上述除本人的情況說明之外的4項證明材料，都必須加具公章。同時，個人提供的證明材料，要寫明提供材料人當時的身份；複印件或摘抄件則要寫清材料出處、摘抄人或複印人，以示負責。
三、按照程序，做好補辦手續
1、在确認黨員身份并取得上列4項證明材料的基礎上，由黨員現在所在的黨支部負責為其補辦《入黨志願書》。程序如下：1、在《入黨志願書》封面上寫明："因《入黨志願書》丢失，×年×月×日補辦"，并出具黨支部或單位公章。
2、讓補辦人如實填寫好《入黨志願書》第1頁至第6頁。填表時應注意，"本人經曆"、"獎勵或處分"、"家庭主要成員"、"主要社關"等欄目應反映入黨當時的狀況，入黨後發生的情況不應填寫。但第6頁末尾的日期應填入黨時的日期，再填上補辦的日期，并寫上"補填"字樣。
3、将上列5項證明材料裝貼在第7頁上。
4、召開支部大會，作出同意補辦《入黨志願書》的決議。支委會要負責地詳細地向全體黨員報告調查核實情況、支委會審查證明材料情況、支委會審查證明材料情況，在此基礎上，形成支部決議，并将"決議"寫入《入黨志願書》第8頁中。"決議"的标題應定明"同意×××同志補辦《入黨志願書》的決議"。"決議"中要寫明黨齡從何年何月何日算起。支部書記應簽名。
5、黨委會作出同意補辦《入黨志願書》的決議，并寫入《入黨志願書》第10頁"黨委審批意見"欄中（标題内第8頁支部決議欄），由黨委書記簽名，并加具公章。
6、将補辦的《入黨志願書》歸入黨員個人檔案。